Сталкивался с похожим, может у Вас тот самый случай, пишу с XP, но в Vista по моему также. Панель управления-Язык и региональные настройки-Вкладка Языки-Подробнее-Вкладка дополнительно-НЕ должно стоять ни каких галок в группах Конфигурация совместимости и Настройка системы. Ну и изначально посмотреть, правой кнопкой по трею-Панели инструментов-Языковая панель(галку поставить)

спасибо, попробую покрутить.

Права в домене различаются политикой домена и локальной политикой. Можно сделать на контроллере домена пользователя администратором домена, при входе он будет иметь админские права, но не каждого же делать администратором домена. Поэтому можно войти на локальную машину администратором, зайти в учетные записи-Группы-администраторы-выбрать размещение ДОМЕН-поиск-найти пользователя и добавить его, при входе он будет локальным админом.

Да, в домене я являюсь локальным админом на машине, так же все настройки рабочего стола сохраняются, кроме настроек языковой панели. Разговаривал с админом по доменным политикам, там никаких таких правил с языками нет.
Проверил ещё 4 рабочих станции под Vista, такая же история, раскладка пропала из трея,не реагирует на клавиши переключения и не сохраняет назначенные изменения, но позволяет назначить включение языков назначенными клавишами, например: русский Сtrl+1, английский Ctrl+2, но это как-то не то.
Показалось, что панель изчезла после какого-то обновления, но после какого? Там их множество, посмотрел на сайте майкрософт, но связанного с языковыми изменениями не нашёл.